朱载坖的这个想法得到了内阁和六部的一致支持，现在军费确实是越来越多了，内阁和朱载坖都认为现在确实需要清军了，但是究竟应该怎么清军，这是一个问题。
是朝廷直接派出钦差到九边清军，还是有各地总督、提督清点士卒战马之后向朝廷上报呢？
大部分的官员都认为应该直接由朝廷派出钦差到九边和京营以及亲军诸卫核实军籍、战马数量，朱载坖也是这个意思。按照三大防区，派遣由都察院长官、兵部职官和御史组成的钦差，前往九边各镇稽核清军。
最重要的就是就是带队的三个钦差人选了，朱载坖对于这个人选的要求就是务必要选择清正廉洁，考绩优良的官员前往。
最后吏部和内阁会商之后，向朱载坖推荐的人选是太仆寺卿赵锦、通政使赵贞吉、礼部右侍郎林燫，对于他们三人，确实都是在朝中颇有清名的人，也都是被大家所认可的人。
朱载坖于是下旨，三人俱加都察院右副都御史衔，率领兵部有司官员和都察院的清军御史，赴九边清军，赵锦赴宣大山西，林燫赴陕西三边，而最重要的蓟辽、京营和亲军诸卫，当然是交给了赵贞吉。
朱载坖主要是想看看，每年耗费了大明大半岁入的九边，到底有多少人马。
隆庆五年是科举之年，春闱当然是最重要的事情，会试主考官的选择就异常重要了，现在内阁辅臣中没有主考过会试的就是陈以勤和殷士儋了，朱载坖要在这两者之间选择一位充任会试主考官。
按照论资排辈的顺序上看，应该是先陈以勤而后殷士儋，但是朱载坖现在更倾向于殷士儋，原因很简单，就是现在殷士儋和高拱的矛盾激化了，因为现在内阁中李春芳虽然是首辅，但是他一向比较温和，即便是高拱很强势，李春芳也能够对付，而且高拱很清楚，朱载坖很信任李春芳，所以高拱对于李春芳还能保持基本的尊重。
不过对于陈以勤、殷士儋，高拱就没有那么客气了，高拱本就比较傲气，像陈以勤这样的脾气好的尚且能够忍受，像殷士儋这样的同样是脾气火爆的人就根本无法忍受他了。
你高拱是内阁次辅，可我殷士儋还为朱载坖蹲过诏狱呢？陈以勤怕你高拱，殷士儋可不怕，在一些涉及政策和用人的事情上，殷士儋就不惯着高拱，尤其是现在高拱和醋党打的火热，他和杨博、张四维等人关系都不错，大有联合醋党对抗心学的趋势。
而殷士儋则是对这些事情采取不参与的态度，使得高拱大为光火，朱载坖不愿高拱和殷士儋的矛盾进一步激化，于是点了殷士儋为会试主考官，一来是告诉高拱，自己对于殷士儋的重视，二来会试要锁院，先隔离他们一下子。
除了科举之外，还有武举，朱载坖也选定了武举会试的主考官，策论由吏部尚书杨博主考，武艺由练兵总理大臣、提督蓟辽军务总兵官戚继光主考。
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