就在桓玄忙着算计的时候，刘裕也没闲着，在暗地里和北府兵的残余将士联络，瞅准时机准备反攻桓玄。
公元404年二月，刘裕打着打猎的旗号，召集了北府兵残余将士一千七百多人，在京口起兵起义。
他们一下子就把桓楚在这儿的兵力给消灭了，还杀了桓修。紧接着，众人推举刘裕当盟主，向四方传发檄文，各地一听，纷纷响应。
桓玄得知刘裕率众起义后，那叫一个忧心忡忡，绞尽脑汁也想不出啥应对的办法。有人就跟桓玄说：“刘裕他们势力弱小，能成啥气候啊，陛下您别担心。”
桓玄却回答说：“刘裕那可是当代的厉害人物；刘毅家里没多少积蓄，赌起钱来却能豪掷百万；何无忌是刘牢之的外甥，跟他舅舅很像。他们联合起来干大事，咋能说不会成功呢？”
桓玄先派手下猛将吴甫之还有皇甫敷，带着精兵去抵挡刘裕。刘裕先是在江乘把吴甫之给杀了，到了江乘以南的罗落桥，又拼了命地打，把皇甫敷也给杀了，然后继续进攻。
到了三月，刘裕攻打覆舟山。他让那些体弱的士兵登山，拿着旗帜分好几路走，营造出四周到处都是士兵，而且人数众多的假象。桓玄的守军大多是北府军出身，一看到刘裕，立马没了斗志。
刘裕趁机和各路军队一起进攻，顺利地用火攻把桓玄的守军打得大败，桓玄一看情况不妙，弃城往西跑了。
公元404年三月，刘裕进驻石头城，派冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率领各军去追桓玄。
王谧等人一起推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕呢，却一个劲儿地推辞。最后，王谧担任录尚书事，兼任扬州刺史。
而刘裕则被推举为使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。
东晋末年，那政局乱得一塌糊涂，百官行事放纵，各行各业都荒废了。
刘裕以身作则，先用威严约束宫廷内外，嘿，这一来，百官都开始认真干活了，就这么两三天，朝廷的风气就彻底变了样。您瞧瞧，这刘裕是不是很有一套！
刘裕一当政，头一个整治的对象，就是那腐朽不堪的门阀。
刘裕掌权之后，直接就对反对自己的“江左冠族”动手了。
这“江左冠族”里的尚书左仆射王愉，还有他儿子、荆州刺史王绥，这王绥还是桓氏的亲党呢，就这么被刘裕给诛杀了。
不光如此，还有光禄勋丁承之、左卫将军褚粲以及游击将军司马秀，他们仨干了个“役使官人”的事儿，被御史中丞王祯之给揭发了。这三人呢，在给朝廷的谢罪文书里，还满是怨言。
刘裕知道后，就向司马遵奏报，说他们“无端生出怨恨，还把责任推给有关部门”，就这么着，把这三人全部免了官。
到了四月，刘裕尊奉武陵王司马遵为大将军，以他的名义大赦天下，不过呢，桓玄那一族可不在赦免范围内，其他人都赦免了。
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