话说刘裕这边正忙着整顿内政呢，那边桓玄的儿子桓韶就坐不住了，领着人马气势汹汹地朝着历阳杀过来。
刘裕一听，立刻吩咐辅国将军诸葛长民：“去，把这小子给我打回去！”诸葛长民得令，出兵迎敌，还真就把桓韶给击退了。
与此同时，何无忌和刘道规也没闲着，在桑落洲跟桓楚大将郭钤等人干了一仗。
这两人那叫一个勇猛，把郭钤他们打得大败，顺势就进占了寻阳。这事儿传到司马遵耳朵里，司马遵一高兴，给刘裕加授了个“督江州诸军事”的头衔。
再看桓玄，之前被打得灰溜溜地逃回荆州老巢。回到荆州后，他就开始重新招募士兵，打造楼船，置办器械，还把晋安帝给挟持了，带着大军从江陵沿着长江往东进发。
可桓玄这运气不咋地，在峥嵘洲碰上了冠军将军刘毅等人率领的军队。双方一交手，那真是杀得昏天黑地。
结果桓玄大败，他顾不上自己的军队，夹着尾巴，挟持着安帝就往江陵跑。
桓玄逃到江陵后，想着往蜀地跑，结果半道上被益州督护冯迁给截住，一刀结果了他的性命，还把他的脑袋砍下来送到建康去了。南郡太守王腾之等人就把安帝接到了江陵。
您以为桓玄一死，事儿就完了？没那么简单！
桓玄虽然死了，可他的余党还在呢。就因为讨伐军一时疏忽，桓玄的儿子桓振逃到了华容的涌中，在那儿又召集了几千个追随者，然后瞅准机会，突袭夺回了江陵。这一下，安帝又重新落到桓氏手里。躲在沮川的桓谦听说这事儿，也起兵响应桓振。
何无忌等人一看，这哪行啊，赶紧带兵去攻打江陵。在灵溪跟桓振的军队碰上了，双方打起来。结果何无忌他们在杨林中了埋伏，被打得大败，没办法，只能退回寻阳。
就在这个时候，兖州刺史辛禺和北青州刺史刘该也跟着凑热闹，起兵叛乱。不过他们这叛乱没折腾多久，就被平定了。
到了公元404年十月，刘裕又兼任了青州刺史，还被允许带着一百个手持兵器的卫士进入宫殿。
同一年年底，刘毅等人再次带兵来到夏口，接连攻克鲁城和偃月垒。十二月，讨伐军又收复了巴陵。
转年，也就是公元405年正月，刘毅等人终于收复了江陵，把桓氏的势力彻底驱逐出去，还把安帝给迎了回来。到这儿，桓氏之乱总算是彻底平定了。
这年三月，晋安帝为了表彰刘裕的功劳，下诏提拔他为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，同时还让他依旧担任“使持节、徐青二州刺史”。可刘裕这人实在，多次推辞这些官职，然后回丹徒镇守去了。
晋安帝没办法，只好又给刘裕加授都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州军事，加上之前都督的九州，一共都督十六州诸军事。
同时，解除了他青州刺史的职务，让他兼任兖州刺史，其他官职照旧。
同年，刘裕派使者去后秦，要求后秦归还之前占领的南乡、顺阳、新野、舞阴等淮北诸郡。
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