后秦皇帝姚兴呢，可能是西边战事吃紧，不想再在东边招惹刘裕，就答应把淮北十二郡都还给他。
公元406年三月，刘裕又被加督交、广二州。十月的时候，刘裕给朝廷上书，为西征桓玄的将士们请功。
经过朝臣们上奏，刘裕作为“起义的谋划主脑”，立下了“匡复国家的大功”，被封为豫章郡公，食邑一万户，还赏赐了三万匹绢。他镇军府的僚佐规格，只比原来太傅谢安的府第低一等。
到了十一月，安帝又重申之前的诏令，要加封刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司。刘裕再三坚决推辞，这事儿才作罢。
公元407年闰二月，刘裕发现府将骆冰企图“谋作乱”，一不做二不休，把骆冰给杀了。
跟骆冰有牵连的永嘉太守骆球，也就是骆冰的父亲，还有桓玄的侄子桓胤，骆冰本来打算推举桓胤为首领，以及东阳太守殷仲文和他的两个弟弟，也都被连带杀死。这一下，桓玄的余党基本上被杀光了。
公元408年正月，跟刘裕关系特别好的王谧，在义熙三年十二月去世了。
刘裕觉得朝中没了自己人，有点孤立无援。这时候，幕僚刘穆之劝他入朝接受辅政的诏命，刘裕听从了他的建议。
最后，刘裕被授予侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，还兼任徐兖二州刺史，从此掌握了朝政大权。不过，刘裕辞去了兖州刺史的职务。
到了九月，刘敬宣去讨伐割据西蜀的谯纵，结果无功而返。
刘敬宣觉得没脸，就请求退位。安帝没答应，只是把他的军号降为中军将军。
东晋自打偏安一隅之后，就像那被盯上的猎物，时时都得提防着北方的威胁。您瞧，祖逖、庚亮、褚衰、殷浩、桓温这些人，都先后带着兵马北伐，可折腾了半天，愣是没一个成功的。
刘裕这人可不一般，他琢磨着，老这么被动也不是个事儿啊，得想办法强大自个儿。思来想去，刘裕一拍大腿，决定兴师北上，干一番大事业！
公元409年，南燕皇帝慕容超刚坐上皇位，就不安分起来，放纵手下士兵在淮北地区烧杀抢掠，肆意妄为。
刘裕一看这情形，哪能忍得了？
他决心抗击南燕，同时也想借此在外面扬扬咱东晋的声威。于是在四月，刘裕从建康出发，率领着舟师顺着淮水进入泗水。
到了五月，大军就进抵下邳。
刘裕盘算着，这船舰和辎重带着行军不方便，就把它们留在了下邳，然后改由陆路进发，朝着琅邪前进。
刘裕这人打仗那是相当谨慎，他担心南燕会派出奇兵截断自己的后路，所以每经过一处，都下令修筑城垒，还留下士兵防守。
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